Фамилия Ломагина происходит от прозвища Ломага. Его основа — глагол «ломать», то есть «силой разделять на части, добывать, разбивая что-либо инструментом». Чаще всего такое прозвище давали по роду занятий: лесорубу, дровосеку или горнорабочему, который разбивал породу. Реже — за физическую мощь и крепость.

В говорах у слова «ломага» был и переносный смысл. Так называли человека важничающего, упрямого, которого приходилось подолгу упрашивать. Прозвище могло закрепиться и за тем, кто любил кривляться, жеманничать — от глагола «ломаться» в значении «строить гримасы». Менее вероятно, что Ломагой нарекли мужчину с переломанной рукой или ногой — эта версия не подкреплена устойчивой традицией именования по временным травмам.

Существует и гипотеза, связывающая прозвище с украинским «ломити» — «преодолевать, бороться». Тогда Ломага — человек упорный, целеустремлённый, уверенный в себе. Из всех версий эта выглядит наименее надёжной, поскольку не находит прямых параллелей в русской диалектной лексике.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе на -а добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Ломаги». Это типичный патроним для северных и центральных регионов России, где форма на -ин преобладает над -ов. Встречается фамилия чаще в Новгородской, Псковской и Вологодской областях — в тех местах, где слово «ломага» было в ходу.

Таким образом, Ломагины в большинстве своём — потомки людей, чьё прозвище прямо указывало либо на тяжёлую физическую работу, либо на заметную черту характера: упрямство, важность или склонность к паясничанью.