Фамилия Лонина — женская форма фамилии Лонин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Лона. В основе лежит не один, а сразу несколько возможных корней, и какой из них верный для конкретной семьи, сегодня уже не установить, но разобрать их стоит.

Первая версия отсылает к украинскому слову «лоно» — «зарево», то есть отсвет пожара или огней заката. Прозвище Лона мог получить человек, из окон дома которого открывался красивый вид на закаты, или, наоборот, погорелец, чей дом был уничтожен огнём. Вторая версия связывает прозвище с русским словом «лоно» — «грудь, чрево, символ материнства и нежности». В таком случае Лоной могли прозвать ребёнка, который был особенно привязан к матери, практически не отпускал её.

Третья, более редкая гипотеза, выводит прозвище из слова «лонь» — одного из старых названий саамов (лопарей, лапландцев). Этнографы считают, что «лонь» шведского происхождения и означает «край» или «предел», то есть «лонь, лопарь» — это «человек, живущий на краю земли». Сейчас саамы — одна из самых малочисленных северных народностей. Если эта версия верна, прозвище Лона указывало на этническую принадлежность предка или на внешнее сходство с саамами.

Модель образования фамилии проста и типична для северных и центральных регионов России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лонина — «дочь или жена Лоны». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и в документах встречается преимущественно в Поволжье и на Русском Севере — регионах, где исторически жили саамы и где была сильна украинская диаспора. Выбрать одну версию из трёх невозможно, но именно эта многозначность и делает фамилию Лонина интересной для этимолога.