Фамилия Лонинов — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку с первой буквы. На слух она кажется производной от имени или прозвища Лоня, но вот откуда взялось само это Лоня — тут возможны варианты.

Самая прямая и вероятная версия: основа фамилии — уменьшительная форма крестильного имени Леонтий. В народной речи Леонтий превращался в Лёню, а Лёню — в Лоню. Такое стяжение гласных («Леонтий» → «Лоня») типично для русских говоров, где безударные звуки редуцировались. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лонин сын, то есть «сын Лони». Со временем форма утвердилась как Лонинов — возможно, под влиянием фамилий на -ов, более распространённых в этой местности, или чтобы избежать совпадения с фамилией Лонин.

Есть и второй, менее очевидный путь. В севернорусских и сибирских говорах «лоня» или «лонька» могло значить «прошлогодний», «старый» (от «лони» — в прошлом году). Прозвище Лоня давали либо ребёнку, родившемуся в прошлом году, либо человеку, который держался старых привычек. В этом случае фамилия не связана с церковным именем, а образована от прозвищного слова. Обе версии имеют право на жизнь, но первая — от имени — встречается чаще и проще объясняет появление фамилии в центральных губерниях.

Географически фамилия Лонинов не привязана к какому-то одному региону. Она встречается и в бывших владимирских, и в вятских землях, и на Урале. Встречаемость невысокая, что говорит о том, что родоначальников было немного, и фамилия не размножилась массово. Сословный состав носителей — в основном крестьяне и мещане, никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: фамилия Лонинов — двойная производная. Сначала от полного имени отсекли уменьшительную форму, потом к ней добавили суффикс -ин, а затем, по аналогии с более частотными фамилиями на -ов, нарастили ещё одно окончание. Такие «сдвоенные» суффиксы встречаются, но нечасто, и выдают фамилию, которая формировалась не в книжной, а в живой устной среде.