Фамилия Лоненко — характерный пример украинской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Этот суффикс в украинской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он указывает на происхождение от отца или предка, буквально означая «сын» или «потомок». Так, Лоненко — это «сын Лона» или «потомок Лона».

Корень фамилии — Лон — вызывает вопросы, так как в современном языке прямого имени или прозвища «Лон» нет. Скорее всего, это сокращение или народная форма от крестильного имени. Наиболее вероятная версия — от канонического имени Аполлон (греч. «губитель», «погубитель»), которое в быту часто усекали до Лон или Лоня. Менее распространённый вариант — от имени Лонгин (лат. «длинный»), которое в украинской традиции тоже давало формы вроде Лонько или Лоненко. В обоих случаях фамилия восходит к церковному имени, которое носил предок-основатель рода.

Географически фамилия Лоненко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине — регионам, где суффикс -енко исторически был доминирующим. В России фамилия встречается редко, чаще всего среди потомков украинских переселенцев, например, на Кубани или в южных губерниях. В документах XIX века Лоненко могли записывать как Лоненков — под влиянием русской бюрократической традиции добавлять -ов, но в украинской среде форма сохранилась в исходном виде.

Любопытная деталь: фамилия Лоненко не имеет очевидной связи с украинским словом «лон» (лоно, пазуха) — это ложная этимология. Ни прозвищного, ни профессионального значения у корня нет, так что перед нами чисто патронимическая фамилия, образованная от личного имени, которое уже вышло из употребления. По сословному составу Лоненко — типичная крестьянская или казацкая фамилия: в Украине XVII–XVIII веков -енко носили в основном простые люди, а не шляхта, предпочитавшая фамилии на -ский.