Фамилия Лотфуллина образована от мужского мусульманского имени Лотфулла. Это имя составное: первая часть восходит к древнетюркскому слову «лотф» — «любимый, драгоценный». Вторая часть — «улла» — вариант арабского «Аллах». В итоге имя Лотфулла означает «любимец Аллаха», что типично для традиционной мусульманской антропонимии, где через имя подчёркивали религиозную принадлежность и благочестие.

Фамилия оформлена типичным русским суффиксом -ин, который присоединяется к основам на -а. В данном случае исходная форма — Лотфулла, отсюда Лотфуллин для мужчины и Лотфуллина для женщины. Такой способ адаптации тюркских и арабских имён в русской среде — обычное дело: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть буквально «из семьи Лотфуллы».

Исторически фамилии на -ин у восточного корня могли появляться в среде служилых татар, башкир и других тюркоязычных народов, которые входили в состав Российского государства. Многие из них получали дворянство или несли военную службу, что и закрепило за ними фамилии по отцу. Однако утверждать, что все Лотфуллины — потомки дворян, нельзя: фамилия могла сложиться и в крестьянской или купеческой среде, особенно в Поволжье и Приуралье, где имя Лотфулла было распространено.

Современные носительницы фамилии Лотфуллина чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане и соседних регионах. Точное место и время возникновения конкретной ветви рода можно установить только через генеалогические разыскания — например, по ревизским сказкам или метрическим книгам мечетей.