Фамилия Лукафин — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с именем Лука. В основе лежит форма Лукафа, которая в русской традиции была уменьшительно-ласкательным или обиходным вариантом крестильного имени Лука. Само имя Лука восходит к латинскому «lux» — «свет», то есть «светоносный». В Библии апостол Лука не упоминается как еврей по происхождению; предание возводит его род к просвещённой греческой семье. Он считается автором одного из Евангелий и книги Деяний апостолов, а также, по церковному преданию, первым иконописцем — ему приписывают авторство первых образов Богородицы, в том числе Владимирской, Ченстоховской и Киккской икон.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лукафин — это «сын Лукафы» или «человек из рода Лукафы». В русской ономастике такие фамилии (на -ин) чаще всего образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Форма Лукафа — неканоническая, она могла возникнуть в устной речи как вариант имени Лука с добавлением суффикса -аф-, который встречается в отдельных народных формах (сравните: Иоасаф — Асафа, или просторечные Матюха, Васяха). Однако правдоподобнее и проще объяснить её как диалектное или бытовое переоформление имени Лука, где конечное -а превратилось в -афа под влиянием других имён (например, Ионафан, Варфоломей). В любом случае, перед нами патронимическая фамилия, напрямую указывающая на отца или предка по имени Лукафа.

Географически фамилия Лукафин тяготеет к южнорусским областям и, возможно, к украинскому пограничью, где были распространены формы имён на -афа. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании исходного прозвища. Владельцы фамилии — потомки человека, которого в быту звали не просто Лукой, а именно Лукафой, что могло подчёркивать его выделяющуюся черту или происхождение, но со временем это различие стёрлось, и фамилия закрепилась как наследственная.