Фамилия Лукончева — женская форма фамилии Лукончев, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе лежит имя или прозвище Луконя или Луконча. Скорее всего, это производная форма от канонического имени Лука (от латинского «lux» — свет). В русской народной среде имя Лука давало множество уменьшительных вариантов: Луканя, Луконя, Лукаша. Суффикс -он(я) характерен для северных и центральных говоров, где так образовывали обиходные имена.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Луконч- добавился суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лукончи). Суффикс -ев, а не -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (Лукончь). Таким образом, Лукончев — потомок человека по прозвищу Луконча.

Интересная деталь: в некоторых диалектах слово «луконь» или «луконя» могло означать не только человека, но и предмет — лукошко, плетёную корзину. Хотя это менее вероятно, чем связь с именем Лука, полностью исключать прозвище по роду занятий (корзинщик, торговец лукошками) нельзя. Однако в ономастике принято в первую очередь рассматривать антропонимическую версию — от имени, так как фамилий от уменьшительных форм Луки очень много (Лукин, Лукашов, Луконькин).

Фамилия довольно редкая. Её географическое ядро, по данным современных исследований, тяготеет к Поволжью и некоторым областям Центральной России. Встречается она и в старых писцовых книгах, но массового распространения не получила — в основном осталась в крестьянской среде, где такие «домашние» варианты имени Лука были особенно ходовыми.