Фамилия Лукошюс — один из тех случаев, когда написание подсказывает путь происхождения точнее, чем звучание. В русской среде её часто записывают на слух, но исходная форма выдает балтийские корни. Фамилия образована от прозвища Лукош (или Люкош), которое восходит к литовскому слову lūkōs — «медведь». В старых литовских говорах так называли человека по двум противоположным приметам: либо за любовь к сладкому (медвежья страсть к мёду), либо за неуклюжесть и неловкость. Оба значения бытовали в крестьянской среде, где прозвища давали метко и без лести.

Суффикс -юс (в оригинале -ius) — типичный литовский патронимический показатель, который указывает на принадлежность: «сын такого-то» или «человек из рода такого-то». В русской передаче фамилии он закрепился как -юс, хотя в литовском языке ударение и долгота гласных могли смещаться. Таким образом, Лукошюс буквально означает «сын (или потомок) Медведя», то есть человека с прозвищем Лукош.

Интересно, что в русских документах XIX — начала XX века эту фамилию могли записывать и как Люкошус — с буквой «ю» в первом слоге и окончанием -ус вместо -юс. Такая вариативность объясняется тем, что литовское ū (долгое «у») русские писцы на слух передавали то через «у», то через «ю», а окончание -us адаптировали под привычное -ус. В современном написании Лукошюс — более точная транслитерация, сохранившая литовскую морфологию.

Фамилия редкая, за пределами Литвы и приграничных областей России (Калининградская область, Псковщина) почти не встречается. В отличие от распространённых русских фамилий на -ов/-ев, она не указывает на сословие или ремесло — только на прозвище предка. Сравните с однокоренными литовскими фамилиями: Лукошайтис, Лукошявичюс — все они идут от того же медвежьего корня, но с разными суффиксами.