Фамилия Лунина — женская форма, образованная от мужской Лунин. Основной способ появления таких фамилий на -ин — от имени или прозвища отца, оканчивающегося на -а или -я. В данном случае исходной формой было прозвище или мирское имя Луня. Так в старину уменьшительно называли мужчин с именами Лука или Лукьян. Оба эти имени имеют латинские корни: Лука означает «свет», а Лукьян — «светлый». Поэтому самая прямая версия: Луня — это сокращённое домашнее имя, а Лунины — потомки человека по имени Луня.

Но есть и другая, не менее интересная гипотеза. В русских говорах лунём называли хищную птицу семейства ястребиных с характерным светлым, почти белым оперением у самца. Прозвище Лунек или Лунь могли дать светловолосому, седому человеку или тому, кто напоминал эту птицу повадками — например, бесшумной походкой или зорким взглядом. Фамилии от названий птиц в русском языке не редкость: Соколов, Ястребов, Воробьёв. Лунин стоит в этом же ряду.

Третья версия — самая редкая и локальная. В новгородских и сибирских говорах существовал глагол «лунуть» — выстрелить, хлопнуть, ударить. Если прозвище Луня или Лунек дали человеку с громким голосом или вспыльчивым нравом, то основа фамилии уходит корнями не в имя и не в птицу, а в диалектное слово. Эта версия менее распространена, но её поддерживает география ранних упоминаний фамилии.

Документы XVI–XVII веков фиксируют Луниных именно в тех регионах, где могли пересекаться все три версии. В 1578 году в Коломне жил Павел Борисович Лунин. В конце XV века новгородскими помещиками числились Давид и Иван Филипповичи Лунины. В 1565 году в Казани упоминается Степан Лунин, а в 1624 году — крестьянин Семен Лунь. Разброс по землям говорит о том, что фамилия возникла независимо в разных местах, и в каждом случае мотив для прозвища мог быть свой. Кто-то получил фамилию по имени Лука, кто-то — за сходство с птицей, а кто-то — за характер.