Фамилия Лункин образована по простой и распространённой модели: к основе «Лунок» добавили суффикс принадлежности -ин, который в русских фамилиях отвечает на вопрос «чей?» — то есть «сын Лунка» или «человек из рода Лунка». Но что скрывается за самим прозвищем Лунок? Тут есть несколько версий, и ни одна из них не выглядит натянутой.

Самая любопытная отсылка уводит в псковские говоры, где глагол «лунить» означал одновременно «тускло светить» и «хлопать глазами». Отсюда два возможных портрета предка: либо это был слишком любопытный, глазеющий по сторонам человек, либо ребёнок, родившийся ночью при луне, — в деревнях такие прозвища часто давали по обстоятельствам появления на свет. Слабая версия, что прозвище связано со словом «лунек» из тульских говоров — так называли народную пляску вроде казачка. Если это так, то Лунком могли прозвать лихого плясуна, который на гуляньях отплясывал лунек лучше всех. Из двух версий вторая менее надёжна: плясовые прозвища встречаются реже, чем прозвища по внешности или поведению, да и «лунек» в этом значении — узкорегиональное слово.

С точки зрения словообразования фамилия Лункин вписывается в ряд русских фамилий на -ин, образованных от прозвищ с суффиксом -ок (сравните: Сынок — Сынкин, Дружок — Дружкин). Со временем прозвище Лунок закрепилось за родом, и потомки стали Лункиными. Географически фамилия встречается в центральных и северо-западных областях России, что косвенно подтверждает связь с псковскими и тульскими корнями — именно там бытовали слова, лёгшие в её основу.