Фамилия Лупеев звучит редко, но устроена по самой распространённой в России модели: к основе добавили патронимический суффикс -ев, который указывает на происхождение от отца или деда по имени или прозвищу Лупе́й. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Лупе́ев, хотя в устной речи нередко смещается на первый.

Основа Лупей — это неканоническое прозвище, которое могло возникнуть от глагола «лупить» в значении «бить, колотить» или «драть, сдирать кору». В старину лупить могли не только в прямом смысле — так называли драчуна, задиру, человека крутого нрава. В диалектах встречается и слово «лупень» — удар, оплеуха, что тоже подкрепляет версию о прозвище по поведению. Менее вероятна связь с «лупой» (увеличительным стеклом) — это слово вошло в обиход поздно, в XVIII веке, и вряд ли легло в основу фамилии.

Интересно, что фамилия Лупеев не упоминается в классических справочниках Б. Унбегауна или В. Никонова, что говорит о её локальном бытовании. По данным современных телефонных справочников и баз, Лупеевы встречаются в основном в центральных и южных областях России — в Воронежской, Ростовской, Волгоградской. Это указывает на возможное происхождение из южнорусских говоров, где слово «лупить» имело особенно широкое хождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лупанов, Лупачёв, Лупин — показывает, что все они образованы от той же глагольной основы, но с разными суффиксами. Лупеев стоит особняком благодаря суффиксу -ей, который в русских прозвищах встречается реже, чем -ан, -ач или -ин. Возможно, прозвище Лупей давали не просто драчуну, а человеку, который «лупил» глаза — то есть таращился, смотрел пристально, нахально. В говорах есть выражение «лупить глаза» — и такое прозвище могло закрепиться за обладателем больших или выпуклых глаз.

Таким образом, предок современных Лупеевых — человек с яркой приметой либо в поведении, либо во внешности. Фамилия не дворянская и не купеческая, а крестьянская или посадская, что типично для прозвищных образований на -ей.