Фамилия Лупей — редкий пример, где основа, скорее всего, не русская, а украинская или белорусская, и где суффикс работает как ключ к географии предков. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, форма Лупей застыла в именительном падеже с суффиксом -ей. Такая модель характерна для западнорусских земель: на Украине и в Беларуси фамилии нередко образовывали напрямую от прозвища или имени, не добавляя окончания «-ов» (ср. Коваль, Гончар, а не Ковалёв). Лупей — это и есть исходное прозвище, которое стало фамилией.

Корень у слова тёмный и спорный. Самая прямая версия — от глагола «лупить» (бить, сечь, а также сдирать кору, кожуру). Прозвище Лупей могли дать человеку драчливому, скорому на руку, либо, наоборот, тому, кто занимался грубой работой: лупил лыко, сдирал кору с деревьев для плетения лаптей или выделки кожи. В украинском языке «лупій» — это и обдирщик коры, и вообще человек, который обдирает, грабит. Вторая, менее очевидная гипотеза — связь с диалектным «лупей» как вариантом имени Лука или Лупа (разговорная форма от Лупа, Лупп). Имя Лупп (от латинского lupus — волк) было в святцах, но в народной среде оно давало производные вроде Лупа, Лупей, которые могли закрепиться как фамилия.

География фамилии подтверждает западнорусское происхождение. Лупей встречается в Черниговской, Киевской, Житомирской областях Украины, а также в южных районах Беларуси и в прилегающих областях России — Брянской, Смоленской. Именно в этих местах, в зоне смешения языков и диалектов, фамилии на -ей были обычным делом. Если ваш предок носил фамилию Лупей, он почти наверняка происходил из крестьянской или ремесленной среды западных губерний Российской империи, где прозвище закрепилось за родом без «обрусения» через суффикс.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. У неё нет варианта с «-ов» (Лупеев), хотя форма Лупеев тоже существует, но встречается намного реже. Это говорит о том, что Лупей — более архаичная, «живая» форма, не попавшая под канцелярскую унификацию XIX века, когда многих переписывали на «-ов». Сравните с однокоренными Лупанов, Лупин — там суффикс другой, и основа другая. Лупей остался в исходном виде, как и многие белорусские фамилии вроде Козел, Бобер, Лис. По сути, фамилия Лупей — это законсервированное прозвище, которое в XVI–XVII веках дали предку, и оно дошло до нас без изменений.