Фамилия Лупека — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, не вышло из уменьшительной формы крестильного имени, а родилось из конкретного диалектного слова. В её основе лежит украинское нарицательное «лупак», что значит «сланец» — горная порода, которая легко расслаивается на пластины. Если принять эту версию, прозвище Лупека могло указывать на род занятий: предок мог быть горнодобытчиком или жить неподалёку от сланцевых залежей. Такая «геологическая» привязка — нечастая деталь для фамилий восточных славян, где прозвища обычно давали по внешности, характеру или ремеслу.

Есть и вторая, более бытовая версия. Украинское слово «лупеха» означало отрезок дерева, из которого вырезали трубку для курения. В этом случае прозвище Лупека мог получить плотник или мастер по дереву — тот, кто работал с такими заготовками. Оба слова — «лупак» и «лупеха» — одного корня, связанного с действием «лупити» (отделять, сдирать, раскалывать), так что обе гипотезы не противоречат друг другу, а лишь уточняют, на что именно указывало прозвище: на материал или на изделие.

Сама фамилия образована по продуктивной модели: к основе прозвища добавился суффикс -ек- (в украинской огласовке -ека), который характерен для фамилий, возникших в западных и юго-западных регионах. По сути, Лупека — это «сын или потомок Лупеки», где Лупека — личное прозвище, а не имя. Фамилия не получила распространения в центральных и северных областях России, её географический ареал — Украина и, вероятно, южные регионы России, куда переселялись украинцы. Встречаются и варианты написания — Лупака, Лупаков, но исходная форма Лупека сохранила архаичное окончание, которое в русском языке не склоняется по падежам как типичная фамилия на -а.