Фамилия Лупекина — женская форма фамилии Лупекин. Её основа почти наверняка связана с русским словом «лупеть» или «лупить». В диалектах и просторечии это означало не только «бить, колотить», но и «лущить, сдирать кору», «чистить» (например, лупеть лыко). Отсюда и могли пойти прозвища: Лупека — человек, который дерёт лыко, или, в переносном смысле, кто-то драчливый, «лупящий» обидчиков. Менее вероятна, но возможна связь с южнославянским «луп» — «лист» или «шелуха», однако для русской фамилии это экзотично.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Лупекин, то есть сын или потомок Лупеки. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где -ин был основным патронимическим суффиксом. Модель простая: прозвище Лупека + -ин. В говорах слово «лупека» могло звучать и как «лупёка» — с ударением на второй слог, что отразилось бы в фамилии, если бы она произносилась с тем же акцентом.

Интересно, что фамилия Лупекина встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это совпадает с зоной распространения ремесла по заготовке лыка и мочала — там «лупить» было буквальным занятием. В метрических книгах XIX века можно найти Лупекиных среди государственных крестьян и мещан, то есть сословная среда — непривилегированная, рабочая.

В этимологическом словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямого упоминания Лупекина нет, но модель с глагольной основой на -ека/-ека (ср. Телепнёв от «телепень», Гуляев от «гуляка») описана как характерная для прозвищного словообразования. Таким образом, носительница фамилии Лупекина может считать своим предком человека, которого в деревне знали как Лупека — скорее всего, за привычку «лупить» лыко, а может, и за крутой нрав.