Фамилия Лупинов образована от личного имени или прозвища Лупин, которое, в свою очередь, восходит к названию растения люпин. В старину написание «лупин» было распространённым вариантом. Мирские имена, данные по названиям трав и цветов, встречались на Руси нечасто, но устойчиво: считалось, что растение передаёт ребёнку свои свойства — выносливость, красоту или пользу. В случае с люпином родители могли желать младенцу силы и яркости, ведь это растение известно высокими соцветиями и способностью расти на бедных почвах.

Есть и бытовая версия. Люпин издавна использовали как сидерат — для удобрения земли и на корм скоту. Поэтому прозвище Лупин мог получить крестьянин, который специально сеял эту культуру, разбирался в агротехнике или торговал семенами. В таком случае фамилия указывала не на имя, а на занятие предка.

Словообразовательная модель проста: к основе Лупин добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Так образовывали фамилии от имён и прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Форма Лупинов буквально значит «сын Лупина» или «из рода Лупина».

Фамилия редкая. Встречается в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает связь с земледелием: именно в чернозёмной полосе люпин использовали как удобрение активнее. В письменных источниках фамилия не зафиксирована в древних актах, что типично для поздних крестьянских фамилий, сложившихся уже после отмены крепостного права.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лупин, Лупиновский — показывает, что Лупинов стоит в ряду самых прямых, без дополнительных суффиксов, что говорит о позднем и бытовом происхождении.