Фамилия Лупинко звучит необычно для русского уха, но её происхождение прозрачно, если знать украинскую модель словообразования. Суффикс -енко (в данном случае в форме -инко) — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он означает «маленький» или «сын», то есть Лупинко — это буквально «сын Лупи» или «маленький Лупа». В основе лежит прозвище или неканоническое имя Лупа.

Само имя Лупа имеет два основных объяснения. Первое и самое очевидное — связь с глаголом «лупить» (бить, колотить). Такое прозвище могли дать драчуну, задире или, наоборот, человеку с тяжёлой рукой, который мог «налупить» кому-то. Второе, менее распространённое, — возможная связь с диалектным словом «лупа» (глаз, особенно навыкате или подслеповатый). В некоторых говорах так называли человека с больными или выпуклыми глазами.

Важно не путать эту фамилию с русской фамилией Лупин. В русской модели суффикс -ин образуется от основ на -а/-я (Лупа → Лупин). Украинский же суффикс -енко даёт форму Лупинко, которая и закрепилась. Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, откуда в XVIII–XIX веках вместе с переселенцами попала на Кубань, Дон и в южные губернии России.

Сословно Лупинко могли быть кем угодно: от казаков до крестьян. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был настолько массовым в среде запорожского казачества и мещан, что не даёт точной социальной привязки. Известно, что фамилия фиксируется в ревизских сказках Полтавской и Харьковской губерний, что подтверждает её украинские корни.

В современном русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода (Лупинко, Лупинко, Лупинко), но если носитель — женщина, фамилия остаётся неизменной.