Фамилия Лупина образована от имени или прозвища Лупа, и здесь есть несколько версий, которые стоит разобрать по порядку. Самая прямая и распространённая — от церковного имени Лупп (в обиходе — Лупа). Латинское lupus переводится как «волк», так что в основе лежит древняя традиция давать ребёнку имя-оберег, которое, по поверьям, передавало ему качества зверя: силу, выносливость, независимость. Скорее всего, носитель этого имени был человеком из простого сословия — в крестьянской и посадской среде канонические имена часто принимали сокращённые, бытовые формы.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Лупин, то есть сын, внук или потомок Лупы. Такая модель типична для русских фамилий, особенно на севере и в центральных областях России. Если бы фамилия закрепилась в форме Лупов, она указывала бы на отца по имени Луп, но форма Лупина говорит о том, что в основе лежал именно вариант Лупа.

Менее правдоподобна, но тоже возможна версия от прозвища, образованного от глагола «лупить» — в разных значениях: бить, колотить, а также много есть или быстро сдирать кору. Так могли прозвать буяна, драчуна или, наоборот, человека с отменным аппетитом. Ещё одно значение — «лупастый», то есть глазастый, с выпученными или часто моргающими глазами. В народной речи это слово бытовало именно в таком смысле.

Интересную деталь даёт историк Степан Веселовский: в его «Ономастиконе» упомянут князь Лупа Данило Васильевич Звенигородский, живший в начале XVI века. Это показывает, что прозвище Лупа бытовало даже в высших слоях общества, хотя для княжеского рода оно, скорее всего, было внутрисемейным, а не официальным. Для крестьянской же ветви Лупиных такое прозвище или имя стало основой фамилии естественным путём, без претензий на знатность.

Таким образом, фамилия Лупина — типичный пример русской «патронимической» фамилии, где главная версия ведёт к имени Лупп (волк), а альтернативные — к бытовому прозвищу, связанному с характером или внешностью предка.