Фамилия Лупынина — это, скорее всего, женская форма, а её основа — мужская фамилия Лупынин. Она образована по самой распространённой в России модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на -а, -я, с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — Лупынин, то есть сын Лупыни). Вопрос упирается в то, что такое «Лупыня».

Здесь возможны два основных пути, и ни один из них не является фантастическим. Первый и самый прямой: прозвище Лупыня могло быть связано с глаголом «лупить» — бить, колотить, а также снимать кору (лупить лыко) или даже грабить. В русских говорах «лупыня» — это и задира, драчун, и человек, который дерёт лыко, кору. Второй, не менее вероятный корень — диалектное слово «лупень» или «лупка», означающее крупную репу или брюкву. В этом случае прозвище Лупыня мог получить полный, коренастый человек или, наоборот, с круглой, как репа, головой. В ономастике такие «овощные» прозвища — не редкость, они давались по сходству внешности.

Спор о том, что первично — «драчун» или «репа» — решается в пользу первой версии, если учесть, что глагол «лупить» очень активен в народной речи, а прозвища от действий встречаются чаще, чем от малоподвижных предметов. Однако оба варианта имеют право на жизнь, и в разных семьях история могла сложиться по-своему.

Интересная деталь: фамилия Лупынин не является ни частой, ни редкой до исчезновения. Она имеет ярко выраженную северную и северо-восточную привязку. В старых переписях и метрических книгах носители фамилии (в мужском варианте) чаще всего встречаются в Вологодской, Вятской, Архангельской губерниях, а также на Урале. Это логично: именно там были сильны традиции прозвищ, а слово «лупить» в значении «драть лыко» было частью повседневного быта крестьян, занимавшихся промыслами.

Таким образом, предки современных Лупыниных — скорее всего, не дворяне (фамилия не фиксируется в родословных книгах), а простые крестьяне или ремесленники из северных русских земель. Прозвище могло закрепиться за родоначальником либо из-за его крутого нрава, либо из-за профессии (лупильщик лыка), либо просто из-за внешности. Суффикс -ин однозначно указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где отчество на -ин было нормой для всех сословий, но в дворянской среде она не прижилась.