Фамилия Лупины — один из примеров, как за обиходным, почти грубоватым звучанием может стоять древняя книжная традиция. Вопреки первому впечатлению, в основе фамилии лежит не прозвище, а редкое церковное имя Лупп (в просторечии — Лупа). Латинское lupus означает «волк», и это имя давали в честь святого Луппа, почитаемого как в православной, так и в католической традиции. Таким образом, фамилия Лупин — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Лупы, потомок человека по имени Лупа.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс -ин крепится к основе, оканчивающейся на -а или -я. Так Лупа превратился в Лупина. Эта же модель дала фамилии Пушкин (от Пушка), Галкин (от Галка) и множество других. Фамилия фиксируется в разных регионах, но особенно часто встречается в западных и южных областях России, где имя Лупп было более распространено.

Существует и альтернативная, бытовая версия происхождения — от прозвища Лупа. Здесь возможны два значения. Первое — от глагола «лупить»: так могли прозвать драчуна, буяна или, напротив, человека, который «лупит» за обе щеки, то есть ест с большим аппетитом. Второе — от прилагательного «лупастый» (пучеглазый, с выпученными глазами). Эта версия менее надёжна, потому что прозвища редко вытесняют каноническое имя, если оно уже закрепилось в роду. Однако полностью исключать её нельзя: в ономастиконе С. Б. Веселовского записан князь Лупа Данило Васильевич Звенигородский (начало XVI века), и здесь форма имени уже настолько слилась с прозвищной, что разделить их невозможно.

Особенность фамилии Лупины в том, что она двойная: форма множественного числа указывает на род в целом, а не на одного человека. В старых документах встречаются оба варианта — Лупин и Лупины, причём второй подчёркивает, что речь идёт о целой семье или династии. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян Лупиных в Вологодском и Архангельском уездах, что говорит о северном следе фамилии.

Таким образом, перед нами редкий случай, когда фамилия с «простонародным» окончанием восходит к латинскому корню через церковное имя. Лупины — не «лупоглазые» и не «драчуны» по происхождению, а потомки человека, носившего имя «Волк», но в его христианском, а не языческом значении.