Фамилия Лупов — типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища. В её основе лежит слово «луп», которое в разных говорах и контекстах имело несколько значений, и каждое из них могло дать начало фамилии.

Самая прямая версия связывает прозвище Луп с глаголом «лупить». В одном случае — «сдирать шкуру, обрабатывать кожу». Лупом могли называть кожевника или скорняка. В другом — «брать непомерно много», то есть сборщика податей или вымогателя. Наконец, «лупить» означало «бить, сечь», так что Лупом могли прозвать драчуна или буяна. В народных говорах у этого же глагола было значение «есть жадно, неумеренно», поэтому прозвище могло закрепиться за любителем плотно поесть.

Другая версия отталкивается от прилагательного «лупастый» — «глазастый, пучеглазый». В этом случае Луп — прозвище человека с большими или выпуклыми глазами.

Есть и менее очевидная, но лингвистически обоснованная гипотеза: фамилия может восходить к каноническому мужскому имени Лупп (от латинского lupus — «волк»). В русской бытовой традиции имя Лупп легко сокращалось до формы Луп, и уже от неё по модели -ов образовалась фамилия.

Таким образом, у фамилии Лупов как минимум три разных источника: профессиональное прозвище, прозвище по внешности или по поведению, и редкое церковное имя. Какая из версий верна для конкретной семьи — без генеалогического исследования сказать сложно, но все они укладываются в логику русской ономастики.