Фамилия Лужин в русском языке образована по самой частотной модели — от прозвища или имени через притяжательный суффикс -ин. Этот суффикс отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность потомку человека, которого в народе звали Лужей. Но что стояло за этим прозвищем? Тут нет единого ответа, и лингвисты обычно предлагают несколько корней.

Самая прозрачная версия — топонимическая: от слова «лужа». Прозвище Лужа могли дать человеку, жившему у заметного водоема, болотистой низины или на сырой улице. Однако не стоит сводить всё к географии. В польском языке есть прилагательное luzny (свободный, вольный, разрозненный). Если фамилия пришла с западнорусских или польских земель, её основой могло стать прозвище Вольный или Свободный — так называли людей, не привязанных к общине или помещику, например, вольных поселенцев на территории современных Украины и Белоруссии.

Третья, более редкая, но исторически весомая версия связывает фамилию с этнонимом. Лужичане (лужицкие сербы) — западнославянский народ, веками живший в областях Верхняя и Нижняя Лужица на востоке Германии. Выходец оттуда или человек, торговавший с лужичанами, мог получить прозвище Лужа, а его дети стали Лужиными. Какая из версий точнее для конкретной семьи, без генеалогического исследования не выяснить, но все три объяснения имеют под собой реальную языковую почву и не противоречат законам образования русских фамилий.