Фамилия Лыс — редкий пример русской фамилии, застывшей в чистой форме прозвища, без суффикса. Она не обросла типичными -ов или -ин, а сохранила исходное слово таким, каким его дали человеку. Такие «голые» фамилии чаще встречаются на Украине и в Белоруссии, но в русской среде они тоже бытовали, особенно в среде казачества и крестьянства, где прозвище напрямую становилось родовым именем.

Значение прозвища Лыс не так однозначно, как кажется. Самое прямое объяснение — внешность, отсутствие волос на голове. Но в народном сознании лысина связывалась не столько с возрастом, сколько с опытом и мудростью. На это указывает старая поговорка: «Детинка с плешинкой везде пригодится». То есть лысый парень воспринимался не как больной или старый, а как бывалый, надёжный человек. Другая пословица закрепляла эту мысль: «Лыс конь — не увечье; плешив молодец — не бесчестье». Так что прозвище могли дать и молодому мужчине, если он отличался рассудительностью и житейской сметкой.

Есть и вторая версия, этимологически более спорная. Она связывает Лыс с украинским «лисячий» — лисий. Здесь возможны два повода для прозвища: либо рыжий цвет волос (по аналогии с лисьей шерстью), либо хитрый, изворотливый характер. Однако эта гипотеза уступает первой: фонетический переход «лис» в «лыс» возможен, но не обязателен, а прямое указание на отсутствие волос встречается в прозвищах гораздо чаще, чем зооморфные сравнения.

С точки зрения словообразования фамилия Лыс уникальна. В русской ономастике фамилии без суффикса — явление редкое, и они несут отпечаток прямой, неформальной номинации. Если бы предка звали Лысый, потомки с большой вероятностью стали бы Лысовыми или Лысиными. Но раз фамилия осталась Лыс, значит, прозвище было настолько устойчивым и личным, что прижилось в неизменном виде, минуя стандартные модели. Среди носителей этой фамилии чаще встречаются выходцы из южных регионов России и Украины, где «голые» прозвищные фамилии более типичны.