Фамилия Лысаненко образована от прозвища Лысан, в основе которого, вероятно, лежит прилагательное «лысый». Однако Лысаном также могли называть опытного, бывалого человека. Характерный суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии Лысанюк. Так и прозвище Лысан закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Лысаненко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лысан, со временем получил фамилию Лысаненко.