Фамилия Лысковец необычна прежде всего своим суффиксом -ец. В русских фамилиях он встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и обычно указывает на человека, связанного с местом: «тот, кто из…». Поэтому самая прямая версия происхождения — топонимическая. На карте России есть несколько населённых пунктов с названием Лысково, самый известный из которых — город Лысково в Нижегородской области, на правом берегу Волги. Жителя такого села или города в старину могли назвать Лысковцем — по тому же принципу, что уроженца Томска называли томцем, а жителя Мурома — муромцем. В архивных актах подобные именования встречаются повсеместно: «Волох Суседов» (1519), «Черкасс Тугаринов» (1600), «Донской казак Ян Грек» (1688). Фамилия Лысковец могла закрепиться за человеком, который переселился из Лыскова в другую местность, — так метили чужака, указывая на его прежнюю родину.

Другая версия отталкивается от внешности. Прозвище Лысковец могли дать человеку с заметной лысиной. В этом случае в основе лежит прилагательное «лысый», а суффикс -ец добавляет оттенок «носитель признака»: Лысковец — буквально «лысый человек». Такие прозвища по физическим особенностям были обычны в крестьянской среде.

Существует и третья, менее очевидная гипотеза. В украинском языке гласные «и» и «ы» исторически совпали в одном звуке, который передаётся буквой «и». Если предок носителя фамилии был выходцем с украинских земель, прозвище могло звучать как Лысковец, но восходить к слову «лис». Лис на Руси издавна считался символом хитрости и коварства, поэтому такое прозвище могли дать человеку льстивому или изворотливому. Однако эта версия слабее топонимической: фамилия отчётливо русская по суффиксу и распространена в центральных областях России, где украинское влияние на формирование прозвищ было минимальным. Надёжнее всего считать, что Лысковец — это «выходец из Лыскова» или, реже, «лысый человек».