Фамилия Лысякин образована от прозвища Лысяка. В основе лежит прилагательное «лысый» — безволосый, плешивый. Прозвища, данные по внешнему признаку, были в ходу на Руси повсеместно, и Лысяка — одна из таких характерных кличек. Суффикс -ак (-як) в русских прозвищах часто придавал слову экспрессивный, разговорный оттенок: Лысяка — это не просто «лысый», а «лысоватый», «такой, у кого лысина заметна». Подобная модель встречается и в других фамилиях: Гуляка, Зевака, Кривляка.

Фамилия образована по патронимической модели: Лысякин — сын Лысяки. Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Лысякин. Это один из самых распространённых способов образования русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от названий профессий или отчеств на -ович, фамилии на -ин чаще фиксировали прозвища и личные имена на -а/-я.

Интересно, что фамилия Лысякин — не единственная в своём гнезде. В русских говорах существовали варианты Лысак, Лысяк, Лысиков, Лысков. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, которые могли зависеть от местного говора или личного вкуса прозвавшего. Например, Лысак — более краткая форма, Лысякин — с уменьшительным оттенком. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит такие образования к типичным для XVII–XVIII веков, когда прозвища активно переходили в наследственные фамилии.

Географически фамилия Лысякин встречается не слишком широко, но имеет очаги в Поволжье и некоторых областях Центральной России. Встречаются варианты написания с одной «с» — Лысакин, что могло возникнуть из-за диалектного произношения или ошибки писаря. В любом случае, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком с заметной лысиной — и это прозвище, данное в быту, закрепилось за его потомками.