Фамилия Лытко — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку, закрепилось в неизменной форме, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Такая модель нетипична для великорусских фамилий и встречается в основном на Украине или в Беларуси, но в случае с Лытко есть все основания считать её исконно русской, новгородской.

В основе фамилии лежит прозвище Лытко, которое напрямую связано со старинным русским словом «лытка» — так называли ногу, голень или берцовую кость. Но прозвище, скорее всего, образовалось не от анатомии, а от глагола «лытать»: убегать, скитаться, отлынивать от дела. Лыткой в народе называли лодыря и бездельника, того, кто «лытает» — уклоняется от работы или шатается без дела.

Первое документальное упоминание относится к 1478 году в Новгороде. Фамилия неоднократно встречается в писцовой книге Ярославля 1671 года. Судя по географии, именно новгородцы занесли это прозвище в пермские земли, где к концу XIX века широко распространилась фамилия Лыткин. Всероссийская перепись 1897 года зафиксировала в Зауралье варианты Лыдкин и Лыткин. Здесь нет ошибки писцов: в северно-русских говорах существовало слово «лыды» — «ноги» или «длинные ноги», и корень «лыд-» давал параллельную форму.

Фамилия Лытко — редкий пример, когда прозвище не обрастало суффиксом принадлежности. Возможно, это указывает на то, что прозвище было настолько устойчивым и личным, что его перенесли в фамилию без изменений. В любом случае, предок носителя фамилии Лытко — человек, получивший своё прозвище за нежелание работать или за привычку бродить без дела, а само слово уходит корнями в живую северно-русскую речь XV–XVII веков.