Фамилия Любченко — одна из тех, что сразу выдают украинско-белорусское происхождение: характерный суффикс -енко (встречается также вариант -енко) указывает на восточнославянскую модель образования фамилий, особенно распространённую на землях современной Украины и Беларуси. Такие фамилии чаще всего означали «сын такого-то» или «потомок такого-то», и Любченко в этом ряду не исключение.

Основа фамилии — мирское имя Люба. В древнерусской и общеславянской традиции именования нецерковные имена были обычным делом, и Люба — краткая форма от полного женского имени Любава, которое восходит к общеславянскому корню со значением «любящая, любимая». Таким образом, потомок человека по имени Люба (или Любава) со временем получил фамилию Любченко.

Интересно, что фамилия относится к сравнительно редкой группе, образованной от женских имён. В большинстве случаев русские и украинские фамилии строятся от мужских имён или прозвищ, но бывают исключения, когда основой стало женское имя — например, если мать играла главную роль в семье или если имя было дано ребёнку в честь матери. В случае с Любченко, скорее всего, речь идёт именно о нецерковном имени Люба, которое мог носить и мужчина: в древности женские имена в уменьшительной форме иногда давали мужчинам как ласкательные или охранительные прозвища.

Нельзя полностью исключить и этимологическую связь с глаголом «любить». В этом варианте фамилия могла образоваться от прозвища Люба — человека ласкового, любящего или, наоборот, всеми любимого. Однако первая гипотеза — происхождение от имени Любава — представляется более вероятной, поскольку опирается на реальную ономастическую традицию и подтверждается аналогичными фамилиями (например, Любавский, Любавин). В любом случае, корень фамилии прозрачен и связан с положительными, тёплыми смыслами.