Фамилия Люкшин — один из тех случаев, когда прозвище предка точно указывает на его заметную особенность. В основе лежит слово «люкша», которое в тверских говорах означало «левая рука». Человека, который всё делал левой рукой — левшу — в деревне так и прозывали: Люкша. В среде, где большинство работ выполнялось правой рукой, такая особенность сразу бросалась в глаза и давала повод для прозвища.

Слово «люкша» — редкое диалектное образование. В отличие от более распространённого «левша», оно имеет характерную для северо-западных русских говоров фонетику. Тверская земля, где это слово бытовало, долгое время была зоной смешения северных и среднерусских говоров, что и породило подобные локальные слова.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Люкш- добавили суффикс принадлежности -ин. В русской традиции суффикс -ин присоединяли к основам на -а/-я, поэтому «Люкша» закономерно дало «Люкшин». Буквально фамилия означает «сын Люкши» или «из рода Люкши».

По типу образования фамилия Люкшин стоит в одном ряду с такими же прозвищными фамилиями, как Левшин, Правшин или Крившин. Все они отталкиваются от физической или поведенческой асимметрии человека. Но если Левшин встречается часто, то Люкшин — вариант более редкий и географически привязанный к Тверской области и прилегающим районам.

В дореволюционных переписях фамилия фиксируется преимущественно в крестьянской среде. Прозвище давали в быту, а при переходе в официальную фамилию оно закреплялось за потомками. Никакого отношения к другим значениям слова «люкша» (в некоторых диалектах так могли называть неуклюжего человека или даже вид рыбы) эта фамилия не имеет — ономасты сходятся на версии с левой рукой как на основной и наиболее обоснованной.