Фамилия Люшенко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который указывает на родство по отцу: Люшенко буквально означает «сын Люши» или «потомок Люши». В основе фамилии лежит имя Люша — производная, уменьшительная форма от полного имени Илья.

Илья — имя древнееврейского происхождения, означающее «мой бог — Господь». На Руси оно получило широкое распространение благодаря почитанию пророка Илии (Ильи), легендарной фигуры в христианской традиции. Илья-пророк известен как чудотворец, прорицатель и грозный обличитель идолопоклонства. В славянской народной культуре его почитали особо: он считался повелителем грома, дождя и урожая, заместив в народном сознании языческого бога Перуна. В современной православной традиции святой Илия считается небесным заступником Воздушно-десантных войск, а в католической — покровителем автомобилистов и мотоциклистов.

Таким образом, предок носителя фамилии Люшенко, скорее всего, был человеком по имени Люша — так в быту могли называть Илью. Фамилия закрепилась за его детьми и внуками. Поскольку суффикс -енко типичен для украинской ономастики, корни фамилии, вероятнее всего, ведут на территорию современной Украины, где такие модели фамилий особенно часты в центральных и левобережных областях.