Фамилия Люшуков — одна из тех, где корень разглядеть непросто, зато суффикс указывает на вполне конкретное происхождение. Модель образования здесь классическая для русских фамилий: основа на -у- плюс суффикс -ов. Это значит, что фамилия образована от прозвища или имени Люшук, которое, в свою очередь, скорее всего, является уменьшительной формой от имени с корнем «люб-» (Любим, Любава, Любомир). Чередование «б/ш» в живой речи встречалось часто: Люб- → Люш- (как «глубокий» и «глубже»). Тогда Люшук — это ласковое обращение к человеку по имени Любим или к тому, кого прозвали Любушкой.

Есть и другая, менее вероятная, версия: связь с диалектным словом «люш» или «люша» — так в некоторых говорах называли маленькую рыбёшку, снетка или малька. В этом случае Люшук — прозвище невысокого или худощавого человека. Но эта гипотеза слабая: слово редкое, а для прозвищ по внешности чаще брали более понятные основы вроде «Малыш» или «Кроха». Первая версия — с производной от «любить» — выглядит убедительнее, тем более что фамилии с корнем «люб-» (Любимов, Любавин) очень распространены, а Люшуков — их редкий фонетический вариант.

Географически фамилия почти не встречается в центральных областях России. Основные очаги — южные регионы, в частности Ростовская область и Краснодарский край. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в среде казачества или переселенцев с Украины, где чередование «б/ш» в уменьшительных формах (Михайло — Мишко, Люб — Люшко) было нормой. В украинском языке «Люшук» — вполне естественное образование от имени Любомир или Любав.

С социальной точки зрения, носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, а не дворянами. Люшуковы не внесены в родословные книги Российской империи, что косвенно подтверждает их непривилегированное происхождение. Фамилия не уникальна, но и не распространена — её можно отнести к разряду редких, сохранивших живую народную фонетику.