Фамилия Маерков — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее, чем попытка вывести значение из прозвища. Скорее всего, её корни — в топониме Маерки. Так называется несколько сёл и хуторов в Воронежской и Волгоградской областях, а также в Беларуси (Могилёвская область). Житель такого места получал прозвище Маерко, а его потомки — фамилию Маерковы. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Маерка».

Само название Маерки, вероятно, восходит к слову «майер» — в южнорусских и украинских говорах так называли управляющего имением или арендатора (от нем. Meier). В XVIII–XIX веках помещики нередко селили на хуторах таких управляющих, и хутор получал название по их должности. Таким образом, первый Маерко мог быть не просто жителем, а потомственным усадебным приказчиком.

Версия о происхождении от личного имени Марк с перестановкой звуков (Марк → Марко → Маерко) возможна, но менее убедительна: для фамилии Маерков не зафиксировано устойчивых вариантов вроде Марков, которые бы указывали на чередование «р/ер». Скорее всего, перед нами именно топонимическая фамилия, которая закрепилась за выходцами из одного-двух сёл. Встречается она редко, в основном в Центральном Черноземье и Поволжье, что подтверждает связь с конкретными населёнными пунктами.