Фамилия Маерчукова — женская форма от Маерчуков, и её разумнее разбирать через мужской вариант, чтобы добраться до корня. В слове отчётливо выделяется суффикс -ук, характерный для украинской и белорусской модели образования фамилий. Чаще всего -ук присоединяли к основе, означавшей отца или его занятие: Маерчук — это «сын Маера» или «потомок Маера». В таком случае основа Маер- — это либо имя, либо прозвище.

Самая вероятная версия: Маер — вариант имени Майер (Meyer), которое пришло из немецкого языка. В среде еврейского и немецкого населения Правобережной Украины, Белоруссии и Прибалтики Майер было распространённым личным именем, а позже и фамилией. Славянское окружение переделало его на свой лад, добавив уменьшительный или патронимический суффикс -ук. Таким образом, предок носителя фамилии Маерчуков мог быть назван по отцу, носившему имя Маер (Майер). Эта версия подкрепляется тем, что на территориях бывшей Речи Посполитой и Российской империи, где жили еврейские общины, фамилии с корнем Маер- встречаются в разных вариациях: Маерович, Маерзон, Маергойз.

Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с турецким или крымскотатарским словом «маер» (в значении «помощник» или «подручный»). В таком случае прозвище Маер мог получить человек, работавший помощником у кого-то. Однако географическое распространение фамилии (она чаще фиксируется в западных и центральных регионах бывшей Российской империи, нежели в южных) делает эту версию спорной.

Фамилия Маерчукова — редкая. Её носители, скорее всего, происходят из среды, где смешивались славянские и немецко-еврейские культурные влияния. Суффикс -ук указывает на то, что предок был не дворянином, а крестьянином или мещанином — именно в этих сословиях патронимические фамилии с -ук были особенно распространены.