Фамилия Магалиев образована от восточного мужского имени Магал или Магали. В основе лежит арабское слово «магал», которое означает «провинция, район, область», а в переносном смысле — «наместник» (правитель такой территории). Называя сына Магали, родители желали ему в будущем высокого положения и власти. Это типичная модель для фамилий тюркских и кавказских народов, где имя отца становилось родовым прозвищем, а затем закреплялось с русским суффиксом -ев.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: основа Магали (или Магал) плюс патронимический суффикс -ев, который в русском языке присоединялся к основам на мягкий согласный или «и». Встречаются и однокоренные варианты: Магалов (от более твёрдой формы Магал) и Магалишвили (у грузин). Фамилия Магалиев распространена в Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также среди татар и башкир — везде, где были распространены арабские имена через исламскую культуру.

Существует и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «магал» в значении «кривой, изогнутый». В этом случае имя могло быть прозвищем по внешнему признаку. Однако первая версия — от титула «наместник» — поддерживается и восточной антропонимической традицией, и тем, что в ономастических справочниках имя Магал фиксируется именно в значении «правитель области».