Фамилия Магалис — одна из тех, что заставляют задуматься о её происхождении сразу. В русском языке она звучит нехарактерно, и это ключ к разгадке: скорее всего, перед нами не исконно славянская фамилия, а фамилия, пришедшая из еврейской среды ашкеназов. Её основа — мужское личное имя Магаль (или Магил), которое, в свою очередь, восходит к библейскому имени Мегиддо (на иврите — «место сборищ» или название древнего города). В идише и ашкеназской традиции такие имена нередко давали в честь субботних или праздничных чтений, и фамилия Магалис означает «сын Магаля» или «принадлежащий к роду Магаля».

Суффикс -ис указывает на патронимическую модель, характерную для литовских и латвийских евреев. В Литве и Беларуси, где до Холокоста жили целые общины, фамилии на -ис (например, Капланс, Либертис) были широко распространены. Это отличает Магалис от, скажем, украинских или польских еврейских фамилий с суффиксом -ович или -ский. Таким образом, географически фамилия тяготеет к северо-западной части черты оседлости — к бывшим литовским губерниям Российской империи.

Встречается и более редкая, но правдоподобная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Магаль, которое на идише означало «ловкий», «проворный» или даже «хитрец». В таком случае прозвище давалось по характеру или поведению человека, а не по имени. Однако, учитывая, что фамилии на -ис в основном патронимичны, версия с именем-основой выглядит надёжнее.

Сословно носители фамилии Магалис в XIX — начале XX века относились к мещанам или купцам. В метрических книгах и ревизских сказках по Витебской, Ковенской и Минской губерниям фамилия фиксируется с середины XIX века. Известных публичных фигур с этой фамилией в истории России немного, что делает её типичной для своего региона — не громкой, но узнаваемой среди потомков выходцев из литовского еврейства.