Фамилия Магуза — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русском языке нет очевидного корня «магуз-», поэтому первое, что приходит в голову: это либо искажённое написание более известной фамилии, либо заимствование из другого языка.

Скорее всего, перед нами фамилия тюркского или кавказского происхождения. Основа «магуз» может восходить к тюркскому слову со значением «рог» или «изгиб» (ср. башкирское «мөгөҙ», татарское «мөгез»). В таком случае прозвище Магуз могли дать человеку с какими-то характерными чертами — например, с кудрявыми волосами или с упрямым, «рогатым» нравом. Другой вариант: в некоторых тюркских языках «магуз» означает «соплеменник», «родственник», и фамилия указывала на принадлежность к определённому роду.

Нельзя исключать и версию, что Магуза — это вариант фамилии Магузов, где конечное «-а» — не суффикс, а особенность народного произношения или результат приписки окончания при русификации. Фамилии, оканчивающиеся на -а, характерны для южнорусских и украинских говоров, а также для народов Северного Кавказа. Если корень «магуз» — прозвищный, то фамилия образовалась без суффикса (так называемая «нулевая» модель), что встречается реже, чем патронимы на -ов/-ин.

География фамилии сегодня размыта: носители встречаются в России, на Украине и в странах Средней Азии. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, её носили крестьяне или казаки, получившие прозвище по внешности или занятию. Точных сведений о дате первого упоминания нет, что типично для нерусских по корню фамилий, которые не попали в ранние переписные книги.