Фамилия Макарняева — редкий случай, когда женская форма встречается чаще мужской в документах, но это не меняет её происхождения. В основе лежит мужская фамилия Макарняев, которая образована от имени Макар через цепочку суффиксов, необычную для русского языка.

Имя Макар — народная форма канонического Макарий (от греческого makarios — «блаженный, счастливый»). В русской ономастике стандартная модель отчества от Макара дала бы фамилию Макаров, реже Макарин. Здесь же мы видим суффикс -ня- (-н- + -j-), который в фамилиях встречается спорадически. Чаще всего такие формы возникали в говорах, где имя Макар могли произносить с прозвищным оттенком: «Макарня» — как уменьшительное или даже уничижительное (ср. диалектные «Ваня — Ваньня», «Петя — Петьня»). Суффикс -ев присоединился к этой основе: Макарня → Макарняев, то есть «сын Макарни».

По сословной принадлежности носители такой фамилии почти наверняка были крестьянами или мещанами. Дворянские роды редко образовывали фамилии через столь разговорные суффиксы. Географически фамилия Макарняев (и женская Макарняева) тяготеет к южнорусским и поволжским регионам, где имя Макар было особенно распространено. Встречается она крайне редко — по открытым данным, в России её носят единицы, что подтверждает её локальный, почти микротопонимический характер.

Таким образом, предок носительницы фамилии Макарняева звался, скорее всего, Макар, а в быту его кликали Макарней — отсюда и пошла фамильная линия.