Фамилия Макарнко — это характерный пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко. В украинской ономастике суффикс -енко (реже -нко) исторически указывал на происхождение по отцу, то есть на «сына такого-то» или «малого, младшего». В данном случае основа — имя Макар (каноническое Макарий, от греческого makarios — «блаженный», «счастливый»). Таким образом, Макарнко — это «сын Макара», «Макаров сын». Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Мака́рнко, что тоже типично для этой словообразовательной модели.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые закрепились в основном за дворянством и духовенством, фамилии на -енко в XVII–XVIII веках стали массово фиксироваться у казаков и крестьян Левобережной и Слободской Украины, а также у переселенцев на южные территории Российской империи. Предки носителей фамилии Макарнко, скорее всего, были выходцами из среды запорожского или реестрового казачества, либо свободными крестьянами, получившими фамилию по имени отца в период, когда украинские земли входили в состав Гетманщины.

Интересная деталь: написание «Макарнко» с одной буквой «н» встречается реже, чем более распространённое «Макаренко». Это могло возникнуть из-за местного говора (редукция звука) или ошибки при записи в метрических книгах. В некоторых регионах, например, на Полтавщине или Черниговщине, фамилии с усечённым суффиксом (-нко вместо -енко) фиксировались как вариант. Споров о происхождении основы нет: она однозначно восходит к имени Макар, а не к какому-либо прозвищу или профессии.