Фамилия Макашкин образована от крестильного мужского имени Макарий, которое в переводе с греческого «макариос» означает «счастливый», «блаженный». В основе фамилии лежит не полная, а уменьшительная форма этого имени — Макашка. Именно так в быту могли называть человека, носившего полное церковное имя Макарий. Со временем прозвище или домашнее имя Макашка закрепилось за потомками в виде фамилии Макашкин, отвечающей на вопрос «чей?» — то есть сын или потомок Макашки.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, а основа — на личное имя или прозвище предка. В данном случае суффикс присоединён к основе, оканчивающейся на -а, что характерно для фамилий, образованных от имён и прозвищ с конечным гласным (ср. Илюшкин, Петькин, Васькин).

Интересно, что имя Макарий было широко распространено в среде духовенства и крестьянства, особенно в центральных и северных губерниях России. Однако уменьшительная форма Макашка встречается реже, чем, например, Макар или Макарыч, что делает фамилию Макашкин относительно редкой. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) подобные фамилии относят к разряду патронимических, образованных от народных, обиходных вариантов канонических имён.

Таким образом, предок носителя фамилии Макашкин, скорее всего, был человеком по имени Макарий, которого в кругу близких звали Макашкой. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного, что указывает на прямое родство: «чей?» — Макашкин. Никаких дополнительных сословных или географических маркеров в самой фамилии нет, но по статистике распространения она чаще встречается в Поволжье и на юге России, что может говорить о миграционных потоках носителей имени Макарий.