Фамилия Макенова образована от мужской формы Макенов, и в её основе лежит имя или прозвище Макен. Это типичная русская фамилия на -ов, но с необычным корнем, который сразу выделяет её из ряда фамилий на «Иван», «Пётр» или «Кузнец». Скорее всего, в основе лежит краткая форма крестильного имени — например, Максим, Максимилиан или Македоний. В русской народной традиции такие имена часто усекали до простого и бытового Макеша, Мака, а затем и Макен. Суффикс -ен в данном случае выполняет роль ласкательного или уменьшительного, как в именах Феденя (от Фёдор) или Степаненя (от Степан). Таким образом, Макен — это «маленький Максим» или «Максимка», а Макенов — буквально «сын Макена».

Есть и другая, менее распространённая версия, связанная с географическим прозвищем. В некоторых регионах России, особенно в Сибири и на Урале, слово «макен» могло быть местным названием для какого-то предмета или занятия, но документальных подтверждений этому почти нет. Ономасты (например, Б. Унбегаун) отмечают, что фамилии с корнем на «Мак-» обычно восходят к каноническим именам, поэтому версия с Максимом выглядит надёжнее.

Особенность фамилии Макенова — её редкость. В отличие от массовых Максимовых или Макеевых, Макеновы встречаются небольшими гнёздами, чаще всего в Поволжье и на юге России. Это говорит о том, что родоначальник фамилии был, вероятно, выходцем из конкретной местности, где его прозвище закрепилось за потомками. Сословно фамилия не указывает на дворянство: суффикс -ов и простонародная основа имени выдают крестьянское или мещанское происхождение. Предки носительницы фамилии Макенова могли быть крестьянами, ремесленниками или казаками, а сама фамилия возникла не раньше XVII века, когда в России массово оформлялись отчества в наследственные фамилии.