Основой фамилии Маханькова послужило мирское имя Маханек. Фамилия Маханькова образована от мирского имени Маханек. Однако, не исключено, что в основе фамилии лежит прозвище Маханек. В таком случае Маханьком могли прозвать человека невысокого роста. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маханек, со временем получил фамилию Маханькова.