Фамилия Маханькова образована от мирского имени или прозвища Маханек. Такие имена, не связанные с церковным календарём, на Руси давали, чтобы защитить ребёнка от сглазу или отметить его особенность. Если в основе лежало прозвище, то Маханьком могли назвать человека невысокого роста — слово созвучно глаголу «махать» и прилагательному «маленький», что указывает на некую уменьшительность, «малость». Со временем потомки человека по имени Маханек стали носить фамилию Маханьковы.

Суффикс -к- в основе указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а фамильный суффикс -ов- (в женском роде -а) — на принадлежность роду: Маханькова буквально значит «дочь или жена Маханька». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, и закрепилась в основном в северных и центральных регионах России, где мирские имена бытовали особенно долго, вплоть до XVII–XVIII веков.

Интересно, что в говорах слово «махань» могло иметь и другие значения — например, так иногда называли бойкого, расторопного человека, который всё делает быстро, «одним махом». Тогда прозвище Маханек носило бы не ироничный, а одобрительный оттенок. Слабой эту версию считать нельзя, но основной остаётся связь с уменьшительным значением роста или же с именем, данным по внешнему признаку. В любом случае, фамилия Маханькова — живой след того, как в простом народном слове закрепилась память о конкретном человеке, его облике или характере.