Фамилия Махарин образована от прозвища или мирского имени Махара. В русских говорах слово «махара» имело несколько значений: так могли называть высокого, нескладного человека, либо, напротив, бойкого, размашистого в движениях. Есть и другая версия: в южнорусских и украинских диалектах «махати» означало «манить», «кивать», и прозвище могло закрепиться за тем, кто имел привычку энергично жестикулировать при разговоре.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Махарин, то есть сын или потомок Махары. Это типичная патронимическая фамилия, распространённая в среде крестьян и мещан центральных и южных губерний России. Суффикс -ин, а не -ов, часто встречается у фамилий, образованных от основ на -а/-я, что подтверждает прозвищное происхождение.

Интересно, что фамилия Махарин почти не имеет параллелей в других славянских языках, что говорит о её локальном, диалектном корне. Встречается она преимущественно в Воронежской, Тамбовской и Ростовской областях. Встречается также вариант Махаров — он мог возникнуть, если основа прозвища была переосмыслена как Махар, но форма с -ин исторически первична.

В словарях фамилия не зафиксирована у дворянских родов, что подтверждает её крестьянское или однодворческое происхождение. Носители фамилии Махарин — это, скорее всего, потомки людей, получивших прозвище за внешность или манеру поведения, а не за род занятий.