Фамилия Махарина — одна из тех, где исходное слово почти не изменилось за века, и её разбор сразу даёт ключ к происхождению. Это притяжательное прилагательное, образованное суффиксом -ин от личного имени или прозвища Махаря. Суффикс указывает на принадлежность: Махарина буквально значит «дочь (или жена) Махари», то есть чей-то потомок.

Самое прямое объяснение основы — диалектное слово «махарь», которое в русских говорах означало «меняла», «купец», «торгаш», а также «плут» или «пройдоха». В словаре Даля зафиксирован глагол «махарить» — заниматься мелкой торговлей, перепродажей, барышничать. Прозвище Махаря могли дать либо предприимчивому торговцу, либо человеку с хитрым, изворотливым характером. Фамилия не редкая для центральных и южных регионов России, где торговые прозвища были особенно распространены.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с просторечным именем Макар, которое в бытовой речи могли произносить как Махаря (с характерной заменой «к» на «х»). В таком случае фамилия переходит в разряд патронимических, образованных от канонического имени Макар (греч. «блаженный, счастливый»). Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ин обычно присоединяется к основам на -а/-я, и форма «Махарина» органичнее выводится именно от прозвища Махаря, чем от имени Макар.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия типична для северной и центральной России — суффикс -ин характерен для территорий, где в быту использовали краткие формы имён и прозвищ с окончанием на -а. В южных и западных областях на месте Махариной чаще встречалась бы форма Махаренко. Таким образом, география фамилии сужается до регионов, где преобладала «акающая» речь и модель на -ин, — это Рязанская, Тамбовская, Нижегородская, частично Московская губернии.

В современном употреблении фамилия нередко встречается в формах Махарин (мужской вариант) и Махарина (женский). Искать её носителей стоит в тех же областях, где прозвище давали торговцам-ходебщикам или ловким перекупщикам. Прямых указаний на дворянское или крестьянское происхождение нет — скорее всего, предки относились к посадским людям или однодворцам, для которых мелкая торговля была основным занятием.