Фамилия Маковень — редкий случай, когда украинская уменьшительная форма стала самостоятельной фамилией. В её основе лежит слово «мак». Суффикс -ень в украинской ономастике образует ласкательные или уменьшительные варианты: Маковень — это буквально «маленький мак», «маковка». Такая модель не характерна для русских фамилий, где чаще встречается суффикс -ов/-ев, поэтому фамилия однозначно указывает на украинские корни носителя.

Слово «мак» в прозвищах могло относиться к внешности (рыжие волосы, как маков цвет) или к роду занятий. В украинских говорах «маковій» — это торговец маком, а «маковник» — тот, кто выращивает мак или печёт изделия с маком. Прозвище Маковень мог получить либо человек с огненно-рыжей шевелюрой, либо крестьянин, специализировавшийся на маке. Вторая версия правдоподобнее: в традиционном хозяйстве мак был не только приправой, но и обрядовым растением, и его возделывание требовало особых навыков.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму без патронимического суффикса. В отличие от русских фамилий на -ов (Маков), украинский вариант Маковень не прибавлял к основе указание на принадлежность («чей?»). Это прямая форма прозвища, которая закрепилась за родом без изменений. Такие фамилии чаще встречаются в западных регионах Украины, особенно на Волыни и в Подолье, где была сильна традиция именования по прозвищам.

В России фамилия Маковень редкая и, как правило, принадлежит потомкам переселенцев с Украины. Встречается также вариант Маковенко — с типичным украинским суффиксом -енко, который означает «потомок Маковеня». Поскольку обе фамилии однокоренные, их носители в прошлом могли быть выходцами из одного села или даже родственниками, чьи фамилии записали по-разному при переписи.