Фамилия Макрынина привлекает внимание необычной основой — она явно выпадает из ряда привычных «профессиональных» или «отчественных» фамилий. Её ядро — слово «макрыня» или «макрына», которое в современном русском языке не употребляется, но хорошо сохранилось в диалектах и исторических документах.

Скорее всего, в основе лежит глагол «макнуть» или прилагательное «макрый» — в некоторых говорах так называли мокрый, сырой, влажный предмет или место. Отсюда «макрыня» — топкое, болотистое место, мочажина, или, в переносном смысле, человек, который «мокнет», то есть медлительный, вялый или плаксивый. Версия с прозвищем по характеру вполне правдоподобна: прозвище Макрыня мог получить нерасторопный или постоянно хнычущий человек. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «макрый» в значении «щедрый» или «роскошный» — тогда прозвище носило бы противоположный смысл.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён на -а/-я: Макрыня → сын Макрыни → Макрынин. Женская форма Макрынина — это либо фамилия женщины (жены или дочери Макрынина), либо фамилия, закрепившаяся в женском роде по документам. Географически фамилия редкая и, по данным современных справочников, встречается в основном в центральных и северных областях России — там, где болотистая местность и где слово «макрыня» могло быть в ходу.

Есть и альтернативная, более экзотическая версия: основа могла быть иноязычной, например, от тюркского «макыр» (бедный, нищий) или греческого имени Макрина (Μακρίνα). Но для русской фамилии такое заимствование маловероятно без промежуточного прозвища. Самое простое и надёжное объяснение — местное прозвище по сырому месту или характеру, которое и дало начало этой редкой, но выразительной фамилии.