Фамилия Макулька — редкий случай, когда прозвище сохранилось в почти неизменном виде, не обрастая стандартными фамильными суффиксами. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, характерных для большинства русских фамилий. Это так называемая «неоформленная» фамилия, которая закрепилась в документах в той же форме, что и исходное прозвище.

В основе фамилии лежит украинское или белорусское слово «макулька». В говорах так называли маковую головку — коробочку с семенами. Прозвище Макулька могли дать человеку за форму головы (круглой, как маковка) или за привычку клевать носом, словно мак. Вторая версия связывает фамилию с глаголом «макать»: так могли прозвать любителя макать хлеб в соль или квас, либо работника, занимавшегося окрашиванием тканей (маканием в краситель).

В польском языке есть слово makulka — уменьшительное от mak (мак), а также название птицы (красногрудой синицы). Встречается фамилия в западных областях Украины и на юго-востоке Польши, что указывает на западнорусское или польское происхождение. В России фамилия редкая, встречается единично.

Интересно, что фамилия Макулька могла возникнуть независимо в нескольких регионах как прозвище, а не как патроним (по отцу). Это значит, что предок носителя фамилии не был сыном Макула — такого имени в святцах нет. Фамилия образована напрямую от прозвища, что делает её «говорящей»: она прямо указывает на внешность, привычку или занятие первого носителя.