Фамилия Макушенков — одна из тех, где за привычным суффиксом -ов скрывается неочевидная основа. Если сразу попытаться угадать корень, на ум приходит «макушка» — верхняя часть головы, темя. Но здесь скорее всего не прямое прозвище по физической примете, а производное от имени или прозвища Макуша, Макуш. В старых русских говорах «макуша» могло означать не только «макушку», но и «верхушку», «вершину» — в переносном смысле так могли назвать человека видного, главного в каком-то деле или, наоборот, с заметной лысиной на темени. Однако есть и другая, более вероятная версия: основа связана с каноническим именем Макарий (в просторечии Макар). От него образовались уменьшительные формы Макуша, Макушка — через замену корневого «кар» на «куш» под влиянием народной этимологии (сближение с «макушка»). Фамилия Макушенков, таким образом, входит в гнездо однокоренных: Макаров, Макушин, Макушев, Макушёнок. Суффикс -енков типичен для южнорусских и украинских земель, особенно для бывшей Слобожанщины (территории современных Белгородской, Воронежской, Харьковской областей). Там фамилии на -енков означали «сын такого-то»: Макушенков — сын Макушенка, то есть потомок человека по прозвищу Макуша или Макуш. Встречается фамилия и в более северных регионах, но как принесённая переселенцами. Интересно, что в документах XVII–XVIII веков фиксировались и варианты Макушонков, Макушенко — они сохранили более архаичное окончание. Сословно предки Макушенковых, скорее всего, были крестьянами или однодворцами; дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет. В современной России фамилия редкая, не входит даже в первую тысячу по частотности.