Фамилия Макушенкова ведет свою историю от имени Макуша — производной формы имени Максим. Древнегреческое значение Максима — «величайший, огромный». Среди небесных покровителей этого имени — христианский монах и богослов Максим Исповедник. Он боролся с монофелитской ересью, дважды осуждался в Константинополе, подвергся пыткам и умер в ссылке в Колхиде. Через 18 лет Шестой Великий собор признал его учение истинным, а ересь осудил.

Однако не стоит сводить все к одному корню. Макуша могла быть и уменьшительной формой от имени Мокей (греч. «насмешник») или Макар (греч. «блаженный, счастливый»). Выбор между этими версиями — вопрос конкретной семейной традиции, но Максим как основа встречается чаще.

Словообразовательная модель фамилии необычна. Макушенков — это отчество второго порядка: сначала от имени Макуша образовали патроним Макушенко (сын Макуши), а затем от него — фамилию Макушенков (сын Макушенко). Женская форма Макушенкова закрепилась по той же схеме. Такая цепочка характерна для украинской и южнорусской ономастики, где суффикс -енко указывал на молодое поколение, а -ов добавлялся при русификации фамилий в XIX веке.

Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником. Фамилия не несет дворянского оттенка и не встречается в родословных книгах знати. Географически Макушенковы распространены в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины, что подтверждает ее народное происхождение.