Фамилия Малашхия образована от имени Малашхи, которое восходит к мужскому крестильному имени Малахия. В переводе с древнееврейского оно означает «посланник Божий». Одним из покровителей этого имени считается пророк Малахия, живший в V веке до нашей эры. В русской традиции имя Малахия часто адаптировалось в народных формах вроде Малафей или Малашка, и Малашхия, скорее всего, — один из таких вариантов, сохранившийся в фамилии.

Сама фамилия заканчивается на -ия, что нетипично для славянских фамилий, обычно имеющих суффиксы -ов, -ев, -ин. Это указывает на возможное грузинское происхождение, так как в грузинском языке фамилии нередко оканчиваются на -ия (например, Берия, Данелия). Если это так, то фамилия Малашхия могла возникнуть в среде, где имя Малахия получило местное звучание и закрепилось как родовое прозвище. В таком случае предки могли быть людьми духовного звания или просто носителями имени, данного в честь библейского пророка.

Другая версия, менее вероятная, — что в основе лежит не имя, а прозвище, связанное с диалектным словом «малашка» (так в некоторых говорах называли небольшую вещь или человека маленького роста). Однако связь с именем Малахия выглядит убедительнее, особенно учитывая, что имя было распространено в православной среде. Точных данных о сословии или географии бытования фамилии Малашхия мало, но её редкость и окончание позволяют предположить, что она могла встречаться в южных регионах бывшей Российской империи или среди переселенцев.