Фамилия Мальчекитов — редкая и сложная для однозначной этимологии. В ней прослеживается несколько словообразовательных слоёв, которые указывают на её позднее происхождение, скорее всего, в среде духовенства или приказных людей XVII–XVIII веков.

Основа фамилии — «Мальчек». Это может быть уменьшительная форма от канонического имени Малх (греч. «царь, владыка») или от прозвища Малой (маленький). Второй вариант правдоподобнее: в русской ономастике суффикс «-ек» в прозвищах часто придавал ласкательный или уничижительный оттенок (ср. Парфёнов — Парфёнек, Кузьмин — Кузьмек). Таким образом, Мальчек — это «маленький Малой» или сын человека по прозвищу Малой.

Ключевая особенность — суффикс «-итов». В русских фамилиях он встречается редко и почти исключительно в искусственных, семинарских фамилиях (как Сахаров — Сахаритов, Троицкий — Троицкитов). Семинаристы нередко «латинизировали» русские основы, добавляя окончание «-итов» по образцу греческих или латинских притяжательных форм. Следовательно, фамилию Мальчекитов могли дать ученику духовного училища от прозвища Мальчек или от фамилии однокурсника Мальчеков. В этом случае она означает «принадлежащий к роду Мальчековых» или «сын Мальчека», но оформленный по книжной моде.

Географически фамилия крайне локализована. Данные переписей и телефонных справочников показывают, что подавляющее большинство носителей Мальчекитовых живёт в Республике Коми и соседних регионах (Архангельская, Кировская области). Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в среде севернорусского духовенства или среди государственных крестьян, получивших фамилию при переписи от местного грамотея.

Версия о тюркском или кавказском происхождении (от «мальчик» или «малчек» как титула) маловероятна: суффикс «-итов» — явный маркер русской канцелярской или семинарской традиции, а не тюркской антропонимии. Таким образом, Мальчекитов — это «книжная» фамилия, образованная от уменьшительного прозвища Мальчек (человек маленького роста или младший в семье) с помощью редкого форманта, характерного для духовного сословия.