Фамилия Маленькие — это не просто вариант множественного числа от фамилии Маленький, а самостоятельная форма, характерная для северных и центральных областей России. Если фамилии на -ов/-ев или -ин отвечают на вопрос «чей?» (чей сын? — Маленького), то окончание -их/-ых указывает на принадлежность целому роду: «из дома Маленьких». Такая модель была распространена в новгородских, архангельских, вятских и сибирских землях, где целые деревни могли носить одну фамилию в этой форме.

В основе фамилии лежит мирское имя или прозвище Маленький. В старину ребёнка могли назвать Маленьким не по росту, а по возрасту или положению в семье — как ласковое внутрисемейное имя. Со временем оно закреплялось за взрослым человеком и передавалось детям уже как фамильное прозвище. Другая версия связывает прозвище с невысоким ростом предка — такая приметная черта легко становилась основой для фамилии. Обе гипотезы правдоподобны, и обе работают в рамках славянской традиции именования по внешним или возрастным признакам.

Фамилии на -их/-ых не склоняются и часто встречаются в документах XVII–XVIII веков, когда крестьян и посадских людей записывали по дворам: «Ивашко да Петрушка Маленькие». В отличие от дворянских фамилий на -ский, такие формы редко попадали в официальные родословные книги, поэтому фамилия Маленькие — яркий пример народной, крестьянской ономастики.